EndNoteとZoteroの選び方と、どちらも答えでないとき

結論から言えば、所属が変わっても無料で使い続けたいならZotero、所属機関がライセンスとWordのサポートを提供しているならEndNoteが有力です。課題が文献の発見や関係整理なら、どちらもその作業を対象にしていません。

「EndNoteとZoteroのどちらにするか」は、たいてい機能の問題ではありません。どちらもブラウザや文献データベースから参照を取り込み、PDFを保管し、Wordで書きながら引用を挿入し、投稿先が指定する書式で参考文献リストを整えます。1 行ずつ並べて比べても、出てくるリストはほとんど同じになります。

判断を分けるのは構造の違いです。EndNoteは商用製品で、現在の発行元はClarivateです。多くの研究者は、所属機関のライセンスを通して使っています。Zoteroは非営利団体Corporation for Digital Scholarshipが開発する無料のオープンソースソフトウェアです。そこから派生するもの、つまりサポート・費用・データの持ち出しやすさ・誰と共同作業できるかは、どちらのリストに載っている機能よりも、後から変えるのが困難です。

判断を決めるのは、次の 4 つの問いです。

1. 自分にEndNoteのライセンスがあるか、不具合が起きたとき誰が対応するか

多くの人にとって、価格は自分で答える問題ではありません。EndNoteの全学ライセンスを持つ大学は多く、その場合は使う側の負担がなくなるうえ、たいていサポート契約が付いてきます。つまり、学内の誰にも対処できないときに問い合わせられるベンダーがいる、ということです。Zoteroにはこの問い合わせ先がありません。図書館が開くZoteroの講習も、ヘルプデスクの対応も珍しくありませんが、その後ろに契約で応答を義務づけられた相手はいません。締め切り前の週に引用プラグインの不具合を自分で調べたくないのであれば、この違いはどんな機能比較表よりも重要です。

ただし、その権利は機関のものであって、自分のものではありません。所属が変われば、権利も終了するか、形が変わります。博士課程を終える、研究室を移る、アカデミアを離れる、大学が更新しないと判断する。こうした出来事は、プロジェクトの途中に起こります。

Zoteroの答えは、どの場面でも同じです。無料で、自宅でも次の所属先でも同じソフトウェアを使えて、所属が変わっても何も変わりません。サポートはドキュメントと活発なユーザーフォーラムで、たいてい役に立ちますが、回答が遅いこともありますし、誰も回答を義務づけられてはいません。

そこで、図書館に 2 つ質問してください。ここでEndNoteはライセンスされているか、所属が終わったら自分のアクセスはどうなるかの 2 つです。後者の答えは機関によって異なります。

2. やめるときのコスト

Zoteroはライブラリを自分のディスク上のデータベースに置き、それを読むコードはオープンソースです。書き出しはRIS・BibTeX・CSL-JSONと一通りそろっており、引用スタイルは他のツールとも共通の公開形式CSLなので、スタイルまで持ち出せます。

EndNoteのライブラリは独自形式で、ライブラリファイルと、それに付随するデータフォルダの組で保存します。参照そのものはRISやEndNote独自のXMLで問題なく出力できます。うまく移らないのは、それに付随するもののほうです。添付ファイル、一部のメモ、移行先のフィールドにきれいに対応しない特殊な資料種別が該当します。

しかし、乗り換えで高くつくのはライブラリではありません。すでに書き始めた原稿のほうです。EndNoteのCite While You Writeで書いたWord文書にはEndNoteのフィールドコードが入り、Zoteroのアドインで書いた文書にはZoteroのフィールドコードが入ります。これらは相互に変換されません。原稿の途中で乗り換えるのであれば、その原稿だけ古いツールで書き終えるか、引用をすべて解除して入れ直すかのどちらかになります。

そのため、この比較は後回しにしないほうがよいと言えます。両方を試すコストは、プロジェクトの初日であれば半日ですが、8 か月目には引用の貼り直しに 1 週間かかります。

3. 何で執筆するか

Word。どちらも書きながら引用を挿入でき、十分に実用的です。EndNoteが先行している分、研究室で共有されている手順がEndNote前提になっていることは多くあります。

ジャーナルのスタイル。収録数はどちらも非常に多くあります。EndNoteの出力スタイルと、Zoteroが使うコミュニティ維持のCSLリポジトリを比べると、件数だけなら後者のほうが大きいです。EndNoteの強みは数ではなく供給経路にあります。出版社が自社ジャーナル用のEndNoteスタイルファイルを配布していることも多いため、マイナーな指定でもダウンロード 1 回で済むことが多くあります。CSLに無い場合は、CSLが人の手で編集できるテキストです。問題は、投稿先のスタイルをすでに持っているのがどちらか、という点です。

Google DocsとLibreOffice。どちらも、もうWordだけではありません。ZoteroにはWord・LibreOffice・Google Docsのプラグインがあり、Windows・macOS・Linuxのいずれでも使えます。EndNoteにもバージョン 21 以降はGoogle Docs用のCite While You Writeアドオンがあり（ライブラリをEndNote Webアカウントと同期している必要があります）、Word Online・Apple Pages・OpenOffice Writer・LibreOfficeにも対応します。ただしLibreOffice経路はWindows限定で、32 ビット版のLibreOfficeが必要になります。差が出るのは、文書をその間で移動させたときです。Zoteroには、引用を有効にしたままGoogle Docs・Word・LibreOffice間で文書を移す「ワープロの切り替え」の手順があります。一方EndNoteは、Word文書のEndNoteのエンコードはGoogle Docsを通すと失われる、とClarivate自身が案内しています。共著者がGoogle Docsで執筆していて、原稿をWordに戻す必要があるのであれば、この差だけで結論が決まることもあります。

LaTeX。ここは差がはっきりしています。ZoteroにBetter BibTeXプラグインを入れると、安定した人間可読の引用キーと、ライブラリと同期し続ける.bibファイルが手に入ります。EndNoteもBibTeXを書き出せますが、それは書き出し機能であって、執筆の手順として組み込まれてはいません。

4. 誰と共同作業するか

EndNoteの共有ライブラリは、相手もEndNoteを持っていることが前提になります。ライセンスのある学科の中では、この前提は意識されません。所属をまたぐとき、共著者の大学が別のツールで標準化しているときには、「そちらでライセンスを買えるか」という話になります。共有ライブラリの計画が実現しないまま終わるのは、たいていここです。

Zoteroのグループライブラリは、無料アカウントがあれば使えます。制約はアクセス権ではなく容量にあります。非公開グループのファイルはグループのオーナーの容量から差し引かれるため、PDFの多い研究室ライブラリでは、いずれ誰かが有料プランを契約することになります。

実務的な目安は次のとおりです。所属の外にいる共著者が、誰の許可も得ずに参加できるほうを選んでください。

まとめ

こういう場合は	こちら
所属機関がライセンスを持ち、当面そこにいて、問い合わせ先もほしい	EndNote
投稿先がEndNoteスタイルを配布していて、Wordで執筆する	EndNote
LaTeXで執筆する	Zotero + Better BibTeX
共著者が所属の外にいる、または原稿がGoogle DocsとWordの間を行き来する	Zotero
所属がどうなってもライブラリを手元に残したい	Zotero

次の論文を見つける作業は、どちらの守備範囲でもない

どちらもライブラリであり、どちらも優れたライブラリです。すでに見つけた文献を保持し、正しい書式の参考文献リストに変換します。共通しているのは、その手前の工程についてほとんど機能を持たないことです。重要な論文が 1 本あり、それが何を土台にしているのか、その後誰が反論したのかを知りたいとき、どちらのツールもほとんど役に立ちません。EndNoteは参照からWeb of Scienceの関連レコードと被引用文献へリンクしますが、所属機関が購読している場合に限られるうえ、外部へのリンクであって、たどれるグラフではありません。結局、また検索窓に戻ることになります。

引用グラフを表示するツールは、その工程のためにあります。Litlasもその 1 つです。公開されている複数の文献ソース（OpenAlex・Crossref・arXiv・PubMed・DBLPなど）をまとめて検索し、論文の参考文献側と被引用側を左右に展開するグラフを開き、残す論文には自分のメモを付けてライブラリに保存できます。BibTeXとRISは読み込みと書き出しの両方に対応しているので、EndNoteやZoteroから移行しなくても併用できます。引用スタイルはAPA・シカゴ（著者年）・IEEE・MLA・バンクーバーに対応しています。

執筆までブラウザの中で完結します。Markdown・LaTeX（ブラウザ内でコンパイルします）・リッチテキストの 3 つのエディタがあり、ライブラリから引用を挿入すると、本文中の引用と文献の項目が同時に入ります。✨ボタンを押せば、論文のPDFをGemini・ChatGPT・Claude・Gemini Notebookのうち自分のアカウントへ渡して、そちらで読ませることもできます。無料プランはカード登録なしで今すぐ使えます。

→いますぐLitlasを試す

使い分けははっきりしています。Wordで書きながら引用を挿入するのはEndNoteとZoteroの領分です。Litlasが受け持つのはその手前、つまり次に読む論文を見つけて集めるところです。

半日で決める手順

1 節の 2 つの質問を図書館にメールで問い合わせます。これだけで、ほとんど答えが出ます。
自分が何で執筆しているかを確認します。LaTeXならZotero、原稿がGoogle DocsとWordの間を行き来するならZotero、Wordで出版社配布のEndNoteスタイルを使うならEndNoteです。
共著者が誰かを確認します。自分の好みより、所属の外にいる共著者のほうが結論を決めることが多くあります。
そのうえで試します。同じ 20 件を両方に取り込み、それぞれ引用付きで 1 段落書いてみてください。使っていて煩わしさを感じなかったほうを選んで構いません。Zotero側で取り込みから引用文献リストまでを一度通す手順は、Zoteroの使い方にご紹介しています。
別の問いとして、自分の困りごとが「論文を保管すること」なのか「論文を見つけること」なのかを考えます。後者は、どちらのツールでも解決しません。

参考文献

Clarivate. EndNote. https://endnote.com/, (参照 2026-08-20).
Zotero. Zotero Documentation. https://www.zotero.org/support/, (参照 2026-08-20).