ZoteroとMendeleyの比較記事は数多くありますが、たいてい同じ 20 個の機能を並べて終わり、読み終えても判断がつきません。実際、この 2 つは基本機能がほぼ重なっています。ブラウザから文献を取り込み、PDFを保管し、ワープロに引用を挿入し、投稿先の指定するスタイルで参考文献リストを整えるという作業は、どちらでも実行できます。
つまり、選択は機能の多寡では決まりません。本当に違っていて、しかも後から変えるのが高くつく 4 点だけを見れば十分です。
1. 誰が開発しているか
Zoteroは非営利団体Corporation for Digital Scholarshipが開発しています。オープンソースで、データ形式も公開されています。仮に組織が無くなっても、手元に残るのは読める形式のSQLiteデータベースなので、ライブラリを取り出せます。
Mendeleyは、学術出版最大手の 1 つであるElsevierが所有しています。日々の作業に影響が出ることはまずありませんが、次のような場合には判断材料になります。出版社の寡占について自分の立場がある場合、所属機関が方針を持っている場合、あるいは 2022 年 9 月にMendeley Desktopのダウンロード提供が打ち切られ、Mendeley Reference Managerへの移行を促されたことを覚えている場合です。この判断はその後緩められ、2025 年にElsevierはMendeley Desktopを「今後も残す」と表明しました（ただし保守のみで、新機能の開発はありません）。いずれにしても、この種の決定がプロジェクトの途中で行われるコストは、見積もっておく価値があります。
これは技術の問題ではありません。価値観の問題です。最初に答えておくと、残りの比較が短くなります。
2. 無料ストレージの容量は大きく異なる
だいたい 1 年半ほど使ったところで、多くの人がここで行き詰まります。
- Zoteroの無料枠は 300 MBです。分野にもよりますが、PDFにして 100〜200 本ほどです。
- Mendeleyの無料枠は 2 GBです。容量を気にせず使える余裕が、はっきり大きくなります。
ただし、Zotero側には重要な回避策があります。メタデータだけをZoteroのサーバで同期し、PDFの実体は別の場所に置くという運用ができます（大学のファイルサーバや、自分で契約したクラウドストレージが同期しているフォルダなどです）。これを扱うためのコミュニティ製プラグインもあります。つまりZoteroの 300 MBは見た目より柔軟な上限であり、代わりに多少の設定作業が必要になります。
ストレージの構成について一切考えたくないのであれば、Mendeleyの無料枠のほうが単純に大きいと言えます。
3. 拡張性、そしてLaTeXの問題
実務上、最も差が出るのがこの点です。
Zoteroには本格的なプラグインの生態系があります。決め手になることが多いのはBetter BibTeXです。これを入れると、引用キーが安定した人間可読の形（smith2024attentionのような、自分で決めた書式）になり、.bibファイルがライブラリと同期し続けます。LaTeXで執筆する分野では、この組み合わせがほぼ標準の手順になっています。
プラグインで広がるのは引用の書き出しだけではありません。読んだ内容をMarkdownのノートとして残すのであれば、ZoteroとObsidianをつなぐ方法が 3 つあり、どれを選ぶかで手作業の量が変わります。
Mendeleyに、同等のプラグインの生態系はありません。Mendeley Reference ManagerもBibTeXを書き出せますが、出力されるのは一度きりのファイルで、.bibをライブラリと同期させ続ける設定はありません。引用キーも著者名と年から固定の形で自動生成され、自分で書式を決めることはできません（旧Mendeley DesktopにはBibTeX同期の設定がありましたが、そちらは保守のみになっています）。手順が少し違うときに、自分で拡張する手段もありません。
目安は次のとおりです。
- LaTeXやOverleafで執筆する場合 → ほぼ議論の余地なくZotero + Better BibTeXです。
- Wordで執筆し、設定に時間をかけたくない場合 → どちらでも構いません。Mendeley Citeはよくできています。
4. 共同作業とグループライブラリ
どちらも共有ライブラリを持ちますが、形が異なります。
- Zoteroはグループの人数に上限がありません。ただし、グループに置いたファイルはグループ所有者の容量を消費します。また、公開・参加自由のグループでは、そもそもファイル共有ができません。大きな共有ライブラリを作るには、誰かが有料プランを契約する必要があります。
- Mendeleyは無料プランでも非公開グループを作れますが、上限があります。作れるのは 5 個まで、1 グループあたり 25 人まで、共有容量は全グループ合計で 100 MBです。
2 人で 1 本の論文を書くのであれば、どちらでも困りません。研究室全体の共有ライブラリにするのであれば、誰の容量で運用するのかを先に決めてから標準化してください。
まとめ
| こういう場合は | こちら |
|---|---|
| LaTeXで執筆する | Zotero + Better BibTeX |
| 設定なしで無料容量がほしい | Mendeley |
| オープンソース・非営利であることを重視する | Zotero |
| 手順を自分で拡張したい | Zotero |
| Wordアドインが問題なく動けば十分 | どちらでも |
次の論文を見つける作業は、どちらも解決しない
この 2 つに共通していて、しかも多くの研究者が結局もう 1 つ別のツールを併用することになる理由があります。
ZoteroもMendeleyもライブラリです。すでに見つけた論文を保持し、正しい書式の参考文献リストに変換することに関しては優秀ですが、次の論文を見つけるようには作られていません。重要な論文が 1 本あり、それが何を土台にしているのか、その後誰が引き継いだのかを知りたいとき、どちらのツールにもその機能がありません。結局、検索エンジンに戻ってやり直すことになります。
その部分を担当するのが、引用グラフを表示するツールです。Litlasもその 1 つです。複数のソースを横断して検索し、論文のまわりの引用グラフを開いて参考文献側へ遡ったり被引用側へたどったりして、必要なものを自分のメモ付きでライブラリに保存できます。BibTeXとRISの読み込みと書き出しに対応しているので、ZoteroやMendeleyから移行しなくても、併用できます。引用スタイルはAPA・シカゴ（著者年）・IEEE・MLA・バンクーバーに対応しています。
使い分けははっきりしています。Wordで書きながら引用を挿入するのはZoteroとMendeleyの領分です。Litlasが受け持つのはその手前、つまり次に読む論文を見つけて集めるところです。無料プランはカード登録なしで今すぐ使えます。
10 分で決める手順
- 「誰が開発しているか」に答えます。オープンソースであることを重視するなら、ここでZoteroに決まります。
- LaTeXを使うかどうかを確認します。使うならZotero + Better BibTeXです。
- どちらも当てはまらないなら、両方を導入して同じ 20 本を取り込み、引用付きで 1 段落ずつ書いてみてください。使っていて煩わしさを感じなかったほうを選んで構いません。残りの差は非常に小さいものです。
- 別の問いとして、自分の本当の困りごとが「論文の管理」なのか「論文を見つけること」なのかを考えます。後者であれば、どちらの文献管理ソフトを選んでも解決しません。
参考文献
- Elsevier. Mendeley Reference Manager. https://www.mendeley.com/reference-management/reference-manager, (参照 2026-08-20).
- Zotero. Zotero Documentation. https://www.zotero.org/support/, (参照 2026-08-20).